Początkowo Towarzystwo poświęcało wiele uwagi badaniom przyrody,
głównie z zakresu geologii, mineralogii, petrografii, botaniki, zoologii i fizjografii Polski południowej, zwłaszcza obszaru Karpat. Prowadzono prace
nad inwentaryzacją i zabezpieczeniem zabytków przyrody oraz ich ochroną.

W latach 1914-18 działalność Towarzystwa uległa zawieszeniu, a została wznowiona po I wojnie światowej. Ponadto, Towarzystwo rozszerzyło wtedy zakres swojego działania, początkowo ograniczającego się tylko do okręgu lwowskiego i krakowskiego, na teren całego kraju. Stało się to możliwe dzięki utworzeniu licznych oddziałów terenowych i w roku 1926 PTP im. Kopernika stało się najliczniejszym polskim towarzystwem przyrodniczym zrzeszającym 828 członków.

W nowych warunkach życia naukowego w Polsce, PTP im. Kopernika zmieniło charakter swej działalności koncentrując się przede wszystkim na popularyzacji wiedzy, która de facto prowadzona była od początku istnienia PTP im. Kopernika, m.in. na łamach wydawanych czasopism - „Kosmosu” od 1876 r., oraz „Wszechświata” od 1882 r. Rozwinęła się, trwająca do dzisiaj działalność odczytowa, najaktywniej prowadzona w Oddziałach krakowskim i lwowskim. W 1927 r. powołano do życia nowy organ PTP im. Kopernika „Kosmos” - seria B, a w 1930 r. wznowiono wydawanie czasopisma „Wszechświat”, zawieszone w 1914 z powodu wojny. Gromadzono także księgozbiór, który do dzisiaj wzbogacany jest o nowe pozycje w ramach Biblioteki PTP im. Kopernika.

W czasie II wojny światowej PTP im. Kopernika przeniosło swoją działalność poza tereny Polski. Powstały oddziały PTP im. Kopernika w Wielkiej Brytanii i Palestynie. W 1941 r. utworzono Oddział PTP im. Kopernika w Tel-Avivie, który w ciągu czteroletniej działalności zorganizował kilkadziesiąt posiedzeń naukowych z odczytami, uruchomił pracownię biologiczną i chemiczną oraz bibliotekę z czytelnią, organizował liczne wycieczki przyrodnicze, prowadził działalność wydawniczą (opublikował prace zbiorowe o M. Koperniku i M. Skłodowskiej - Curie oraz w latach 1942 - 1944 - 3 tomy prac zawierające po kilkanaście artykułów przyrodniczych; na wzór dawnych tytułów nosiły one nazwy Kosmos (1942), Wszechświat (1943) i Przyroda (1944). Podobną działalność prowadzili przyrodnicy w Londynie i Edynburgu.

Po wojnie PTP im. Kopernika wznowiło swoją działalność w początkach 1945 r. w Krakowie. Powołano do życia oddziały terenowe, których w 1975 r. było 18. Organizowały one (i nadal organizują) systematyczne posiedzenia naukowe z odczytami, referatami i komunikatami, a także liczne ogólnopolskie sesje naukowe. Cieszące się dużym powodzeniem referaty wygłaszane na posiedzeniach i konferencjach wydawane były niegdyś drukiem jako „Zeszyty Problemowe Kosmosu”.

Obecnie w obrębie Towarzystwa działają cztery oddziały terenowe: krakowski, szczeciński, lubelski i rzeszowski. Prowadzą one żywą działalność odczytową. Działają ponadto trzy sekcje przedmiotowe: Speleologiczna, Dydaktyki Biologii oraz Nauk o Człowieku (Biologii Człowieka). W latach 1964-75 działała również Sekcja Kopernikowska, której głównym celem było spopularyzowanie postaci wielkiego polskiego astronoma i patrona Towarzystwa, Mikołaja Kopernika, w związku z pięćsetną rocznicą jego urodzin.

Działająca obecnie Sekcja Dydaktyki Biologii ma na celu zaznajamianie biologów z problemami dydaktyki biologii, a także inicjowanie badań w tym zakresie. Sekcja ta organizuje Ogólnopolskie Konferencje Dydaktyki Biologii. Sekcja Speleologiczna organizuje coroczne sympozja speleologiczne. Członkowie powołanej w roku 2010 Sekcji Nauk o Człowieku (Sekcji Biologii Człowieka) rozwijają interdyscyplinarną aktywność naukową i popularyzatorską.

Do obecnie organizowanych m.in. przez Towarzystwo imprez należy także „Tydzień Mózgu”, międzynarodowa akcja krzewienia wiedzy o mózgu pod patronatem The European Dana Alliance for the Brain, organizowana od 1999 roku również w Krakowie z inicjatywy obecnego Prezesa PTP im. Kopernika, Profesor Elżbiety Pyzy. Od 2013 roku odbywa się konferencja "Tydzień Mózgu w Szczecinie" a jej częścią jest konkurs biologiczny dla uczniów szkół zachodniopomorskich. Od roku 2014 stałe miejsce w kalendarzu mają również coroczna konferencja „Choroby rzadkie nie tylko w programie nauczania” (sesje w Szczecinie i we Wrocławiu) i Międzynarodowa Konferencja „Ekologia człowieka” (w cyklu dwuletnim - http://ptpk.org/konferencje.html). W obrębie PTP im. Kopernika działa również, od przeszło trzydziestu lat, Komitet Główny Olimpiady Biologicznej wraz z Komitetami Okręgowymi, który co roku organizuje konkurs olimpiady biologicznej dla uczniów szkół średnich.

Towarzystwo kontynuuje ciągłe wydawanie dwóch (historycznych) czasopism: „Kosmos. Problemy Nauk Biologicznych” (od 1876 r.) oraz „Wszechświat. Pismo Przyrodnicze” (od 1882 r.).

opracował: Kazimierz Maślankiewicz, przejrzeli i uzupełnili: Elżbieta Pyza, Grzegorz Wojtczak i Michał Skoczylas.